Cryptomator est un logiciel libre permettant la création et la gestion d'espaces de stockage cryptés et protégés par mot de passe. Ces espaces peuvent se trouver sur n'importe quel dispositif de stockage (disque dur, réseau ou Cloud). Il introduit la notion de "coffre" lié à un dossier où les fichiers sont enregistrés et gérés par Cryptomator selon un principe qui lui est propre. Une fois déverrouillé avec le bon mot de passe, un coffre géré par Cryptomator est accessible au travers d'un lecteur virtuel et accessible comme n'importe quel autre dispositif de stockage. Dès que le coffre est verrouillé ou que Cryptomator est arrêté, le lecteur virtuel cesse de fonctionner et son contenu rendu indisponible par cryptage.